È considerata un capolavoro dell'arte Barocca a Napoli. Oggi, dopo quasi otto anni di inagibilità, la chiesa di San Carlo alle Mortelle ai Quartieri spagnoli di Napoli ha riaperto le proprie porte a fedeli e visitatori. Alla Messa inaugurale hanno presenziato l'arcivescovo di Napoli, cardinale Crescenzio Sepe e il parroco don Mimmo Toscano. Fu proprio lui il primo a entrare in chiesa la mattina del 23 settembre del 2009, quando il crollo in tre punti della pavimentazione tufacea sulla quale è stata edificata la chiesa provocò una voragine che causò gravissimi danni alla struttura e alla vicina sede stradale.

Nel 2009 una voragine inghiottì il pavimento Settecentesco.

L'epicentro della voragine si trovava proprio al centro della chiesa: il pavimento del Settecento fu risucchiato dal crollo, che causò danni anche ad alcuni edifici vicini. Da allora sono trascorsi poco meno di otto anni. I lavori, finanziati nel 2011 per 1,5 milioni di euro dall'Arcus (società per lo sviluppo dell'arte, della cultura e dello spettacolo) hanno permesso di ripristinare al momento circa il 90 per cento della chiesa, consentendone comunque la riapertura e la restituzione al quartiere: già la prossima domenica è in programma una festa di Carnevale per i più piccoli.

La costruzione dell'edificio sacro è iniziata nel 1616. Sul nome della chiesa circolano due versioni alternative: c'è chi ritiene che derivi dalla presenza di alberi di mirto nella zona e chi – più realisticamente – fa derivare il nome dalla famiglia spagnola che deteneva diverse proprietà nelle vicinanze, i Trojanis y Mortela.